의제매입세액 공제대상 및 계산방법과 주의사항 (2025년 최신)

사업을 운영하다 보면 면세 농수산물이나 면세 원재료 등을 매입 후 부가세가 포함되지 않은 계산서를 수취하게 되는 경우가 있습니다. 면세 계산서는 부가가치세를 돌려받을 수 없는 것이 원칙이지만, 일정 요건을 충족하면 의제매입세액공제를 통해 일부세액을 공제받을 수 있습니다. 이번 글에서는 의제매입세액공제란 무엇인지, 공제대상 및 업종별 공제율과 계산방법 그리고 주의사항에 대해 자세히 알려드리겠습니다.

의제매입세액공제 대상 및 계산방법과 주의사항

 

1. 의제매입세액공제란?

의제매입세액공제란 면세농산물·수산물·축산물 등 부가세가 면세되는 원재료를 매입해서 제조 및 가공 과정을 거쳐 과세되는 재화나 용역을 공급하는 과세 사업자에게 일정 공제율을 적용하여 매입세액을 공제해 주는 제도입니다.

쉽게 말해  면세 계산서를 수취해 원재료등을 구매했지만 세법에서 규정한 업종 및 요건에 따라 과세 재화를 만들어 팔 경우 일정 비율만큼 부가세를 공제해 주는 제도입니다.

 

 

2. 의제매입세액 공제 대상

 

1)  일반 과세사업자일 것.

 

일반 과세자인 법인, 개인사업자로  간이사업자와 면세사업자는 해당되지 않습니다.

 

 

2) 면세되는 원재료 매입분을 사용하여 과세되는 재화 또는 용역을 공급할 것.

 

음식점업, 제조업,  도·소매업 등 면세 농수산물 등의 원재료를 *직접 제조 및 가공과정을 거쳐 과세되는 제품 또는 서비스를 공급해야하며, 면세원재료를 그대로 되파는 거래는 해당되지 않습니다.

 

 

예시) ●복숭아(면세)를 매입해서 제조, 가공해서  통조림(과세)으로  판매 -> 의제매입세액 공제 O

         ●복숭아(면세)를 매입해서 그대로 복숭아(면세)로 판매  -> 의제매입세액 공제 X 

 

 

3) 면세 매입분 적격증빙을 수취할 것.

 

면세 매입 적격증빙 -> 계산서, 현금영수증, 신용카드매입증빙 

 

 

 

3.  의제매입세액공제  계산방법과  업종별 공제율

 

 

의제매입세액은 세법 한도 내에서 면세매입금액에 공제율을 곱한 금액을 공제 받습니다.

 

 

1) 계산 방법 

 

 

● 의제매입세액 = 면세매입금액(운반비 제외한 순수 물품대) × 업종별 공제율 

 

● 의제매입세액 한도 = 과세표준 × 업종별 공제율  × 한도율

 

 

 

2) 업종별 공제율 및 한도율 (2025년 기준)

 

업종 구분	법인 사업자  공제율	개인 일반과세자 공제율	한도율
일반 음식점업	6/106	과세표준 2억이하 -  9/109 과세표준 2억초과 -  8/108	법인 -50%  개인 -60~75%
제조업	중소기업 - 4/104 비중소기업- 2/102	1)과자점업,도정업,제분업,떡방아간 - 6/106 2)나머지 개인 제조업 - 4/104	법인 -50% 개인 -55%~65%
기타 업종 및 과세유흥운영업	2/102	2/102	법인 -50% 개인 -55%~65%

 

 

※ 상기표는 2025년 기준으로 업종별 공제율과 한도율은 해마다 변경될 수 있으므로 신고 전 반드시 확인하시길 바랍니다.

4. 의제매입세액공제 주의사항

 

1) 면세매입분 재화에 한함

 

공제는 부가세가 면제된 농산물·수산물·축산물 등에만 적용됩니다. 과세매입분은 해당 안 됩니다.

2) 매입 사실 증빙 수취 필수

계산서, 현금영수증, 신용카드매입전표등 적격 증빙자료는 꼭 보관해야 합니다.

※ 단, 제조업에 한해 농어민으로부터 직접 거래해  매입한 농수산물은 적격증빙 없이  거래사실 입증(거래입금증 등)만으로 의제매입세액공제를 받을 수 있습니다. (음식점업 등은 해당 안됨)

 

3) 간이과세자는 공제 불가

의제매입세액공제는 일반과세자만 가능하며, 간이과세자는 적용되지 않습니다.

4) 과세매출분에 대해 공제

 

의제매입세액은 과세매출분에 대해 제조 가공처리하는 면세물품에 대해 일정 부분 공제해 주는 것으로 면세매출분에 대해서는 적용되지 않으므로 과세와 면세 매출을 겸영하는 사업장에서는 반드시 과세와 면세매출분에 대한 원재료를 구분하여의제매입세액 공제를 계산해야 합니다.

마무리

 

의제매입세액공제는 특히 음식점업과 제조업의  부가세 절세에 매우 유리한 세제혜택이지만  공제 요건이 업종별 차이가 있어 다소 까다로운 면이 있으므로, 공제금액이 크다면 정확한 증빙자료 관리와 세무 전문가의 상담을 권장드립니다.